Bendrovės istorija prasidėjo 1980 metais.

1980 m. kovo 01 d. nuo Prienų komunalinių įmonių kombinato buvo atskirtas šilumos tiekimo padalinys ir pavadintas Prienų jungtinių katilinių ir šilumos tinklų direkcija, kurios aukštesnė organizacija – gamybinė kuro valdyba prie komunalinio ūkio ministerijos. Tuo metu Prienus šildė 9 katilinės.

Bendrovės pavaldumas ir pavadinimas keitėsi keletą kartų. 1982 m. bendrovė turėjo dvigubą pavaldumą, t.y. buvo pavaldi ir Prienų rajono savivaldybei ir Respublikiniam gamybiniam šilumos tiekimo susivienijimui.

1990 m. bendrovės pavadinimas pakeistas į Prienų rajono šilumos tinklai prie Valstybinės įmonės “Šiluma”.

1994 m. bendrovė buvo prijungta prie AB “Alytaus šilumos tinklai” ir tapo jos padaliniu. 1997 m. Seimui priėmus įstatymą dėl šilumos ūkio valdymo perdavimo, buvo įkurta akcinė bendrovė “Prienų šilumos tinklai”, kurios akcininkais tapo Prienų ir Birštono savivaldybės, bei 28 fiziniai asmenys.

Šiuo metu kontrolinį akcijų paketą valdo Prienų rajono savivaldybė.

Prienų rajono taryba 2000 09 28 sprendimu Nr. 88 patvirtino Prienų rajono šilumos ūkio nuomos, atnaujinimo ir šilumos tiekimo vartotojams sutartį. Pagal šį sprendimą, 2000 m. spalio 09 d. UAB “Energijos taupymo centras”, laimėjęs Prienų rajono savivaldybės skelbtą Prienų rajono šilumos ūkio nuomos konkursą, įsteigė dukterinę įmonę – UAB “Prienų energija”.

Pagrindinė AB “Prienų šilumos tinklai” veikla tapo kilnojamo ir nekilnojamo turto nuoma.

2009 m. birželio 01 d. Prienų rajono tarybos sprendimu AB “Prienų šilumos tinklai” tapo daugiabučių gyvenamųjų namų šildymo ir karšto vandens sistemų prižiūrėtoju Prienų mieste, o taip pat Balbieriškio, Jiezno, Veiverių miesteliuose.

2009 m. rugpjūčio mėnesį UAB “Prienų energija” grąžino Prienų miesto katilinę, kurios bendra projektinė galia 14 MW. Katilinė buvo užkonservuota (prieš nuomą kūrenama gamtinėmis dujomis ir mazutu) ir grąžinta po 9 metų nuomos.

Nuo 2009 m. rugsėjo mėnesio AB “Prienų šilumos tinklai” eksploatuoja 9 automatizuotas granulėmis kūrenamas katilines.

Šiuo metu bendrovė rekonstravusi biokuro katilinę Nr.2 (Pramonės g. 19, Prienai) eksploatuoja. Katilinės bendra šiluminė galia 7,5 Mw.

2016 m. bendrovė eksploatuoja 19 katilinių Prienų mieste, Jiezne, Balbieriškyje, Skriaudžiuose, Veiveriuose, Pakuonyje, Stakliškėse ir N. Ūtos seniūnijoje. Jiezno katilinė Nr.2 yra išnuomota UAB “Roalsa”, iš kurios Bendrovė perka šilumos energiją ir tiekia Jiezno miesteliui. 2016 m. duomenimis, Bendrovės aptarnaujamoje teritorijoje šiluma tiekiama 16,0 km ilgio termofikacinio vandens tinklais, kuriais šiluma aprūpinami 2574 vartotojai.

Bendras instaliuotas katilų galingumas – 34,9 MW. Bendrovė priklauso IV šilumos tiekėjų grupei, kuriai priklauso tiekėjai, per metus realizuojantys nuo 25,0 tūkst. MWh iki 50,0 MWh šilumos.

Gazelės apdovanojimas2017 m. „Verslo žinių“ organizuojamuose „Gazelės“ apdovanojimuose įmonė buvo apdovanota už verslo augimą.